El termino municipal de Boquiñeni pertenece al corredor fluvial del río Ebro en el sector noroeste de la provincia de Zaragoza.En el tramo fluvial que discurre por nuestra localidad se puede pescar además permite adentrarse al interior del río y practicar deportes acuáticos como el piraguismo.
El termino municipal de Boquiñeni se caracteriza por su escasa altitud que abarca desde la mínima 219 mt sobre el nivel del mar en el río Ebro hasta la máxima en el suave relieve denominado Alto de la Loteta con 307 mt s/M por lo que su orografía es ideal para practicar deportes: senderismo, ciclismo… En nuestro termino discurre un tramo del Camino Natural del Ebro GR99.Con el programa de Caminos Naturales el Ministerio de Medio ambiente y la Confederación Hidrográfica del Ebro ha creado el Camino Natural del Ebro GR-99, que es una ruta senderista que tiene al Ebro como eje y referente. Este camino transcurre por la localidad y parte desde el Puente que une Pradilla y Boquiñeni, continua por la orilla del Ebro dejando la localidad a unos 250 metros y discurre por el termino de Boquiñeni paralelo al Ebro hasta el Soto de Boquiñeni 3 kms de frondosas riberas que se extienden hasta unas playas de gravas. Enseguida se desvia hacia la derecha y avanza entre choperas y frutales. Tras dejarlas atrás se sigue por el Carrizal del Tejar, antiguo cauce del río Mas adelante sobre un pequeño montículo se pueden visitar los restos musulmanes del Calvario cerca de la localidad vecina de Luceni.
En el termino municipal se sitúa el Embalse de la Loteta, próximo a la autopista vasco-aragonesa en el km 254,5 y la carretera nacional 232, contretamente en el Barranco del Carriza, que esta previsto poder explotarlo para uso turístico y deportivo.
Los amantes de la naturaleza también podrán acercarse hasta El Barranco del Carrizal donde se integra con los habitats considerados como prioritarios y de interes comunitario, por contener especies con valor de conservación asociadas a ecosistemas esteparios.
También se localizan cicatrices de antiguos meandros en el enclave de “Galacho de Los Fornazos”, localizado en la margen derecha del Ebro, en los términos de Boquiñeni y Pradilla, al pie del escarpe formado por una antigua terraza fluvial que proporciona una extraordinaria panoramica. De una antigüedad superior a 2000 años y alimentado por las aguas del freatico, conserva una superficie de 10/15 Has fundamentalmente de titularidad municipal. El antiguo cauce aparece totalmente colonizado por un carrizal con pequeñas manchas de anea… Durante la primavera una mancha verde cubre el espacio y numerosas aves construyen aquí sus nidos. Hasta fechas recientes este humedal padeció agresiones que lo alteraron profundamente. En el año 2006 la Confederación Hidrográfica del Ebro estableció un acuerdo con el Ayuntamiento de Boquiñeni para el desarrollo de un proyecto de restauración y conservación de este espacio natural. Actualmente el mirador realizado ofrece una panoramica sobre este paraje y ofrece unas vistas espléndidas.
Próximo al limite municipal se encuentra el Soto de Pradilla, ligado al cauce de la ribera del río y afectado como zona especial de protección de aves.

Mapa del GR 99 Tramo de Boquiñeni.