Las explotaciones agrarias son de carácter familiar y de reducidas dimensiones. La mayoría de ellas antiguamente estaban dedicadas al cultivo de hortalizas pero en estos momentos han sido destinadas a cultivos de cerales y alfalfa. Pese a esta tradición durante estos últimos años Boquiñeni ha dejado de ser un municipio orientado casi exclusivamente a la agricultura para abrirse al resto de los sectores economicos.
En Boquiñeni muchos agricultores se asociaron para comercializar sus productos de manera mas rentables y en los años 70 se creo la SAT 4298 Union de Agricultores, también hay boquiñeneros entre los miembros de la Cooperativa Aragonesa del Ebro con sede social en Casetas pero con almacén en nuestra localidad.
Otros agricultores han optado por comercializar sus productos directamente y venderlos en mercados nacionales. Pese a la tradición y potencial agrario hoy es excaso el numero de agricultores que se dedican en exclusiva, orientandose la actividad a cultivos con rentabilidad menor pero segura obtenida de los cultivos forrajeros. En muchos casos el complemento de la renta agraria lo proporcionan las explotaciones ganaderas intensivas, que hoy tienen gran peso en la localidad. En Boquiñeni ha proliferado en los últimos años el ganado de cerdo estabulado, que se encuentran en granjas perfectamente acondicionadas según la normativa vigente.